Самуил Абрамович Городков с началом войны был призван на воинскую службу. Проходил подготовку на курсах командиров артиллерийских взводов, а затем военных переводчиков.

В начале 1942 года был направлен в действующую армию. Воевал в частях Западного фронта, Второго Белорусского и Волховского фронтов. Был участником Сталинградской битвы с августа 1942 по февраль 1943 года, воевал на Карельском фронте, Боевым эпизодом здесь был захват с участием военного переводчика Городкова штабной машины противника со стратегически важными документами. Сделанный им перевод захваченных документов позволил предотвратить крупную наступательную операцию фашистских войск, а переводчик был представлен к правительственной награде. Важной задачей Самуила Городкова был также отбор пленных, которых можно было использовать в центрах антифашистской пропаганды, ведущейся централизовано или в действующей армии.

За свои боевые подвиги Самуил Городков был награждён орденами Красной звезды, Отечественной войны и медалями «За оборону Советского Заполярья», «За оборону Сталинграда», «За победу над Германией».

Два года после окончания войны оставался на военной службе в комендатуре немецкого города Цвикау, занимаясь восстановлением мирной жизни.